Im Jahre 1841 erhielt die Kirche eine neue Orgel, zu den vier Glocken kam 1849 als fünfte die kleine Wandlungsglocke. Das Schönste, was Pfarrer Philipp seiner Kirche bescherte, war das neue Altarbild von dem Kupelwieser-Schüler Ludwig Mayer. Für die Kosten kam in erster Linie die Gemeinde auf. Die kanonische Visitation nahm im Jahre 1859 Fürsterzbischof Kardinal Rauscher vor und spendete auch das hl. Sakrament der Firmung. 1866 feierte Pfarrer Philipp sein 50jähriges Priesterjubiläum. Als 79jähriger Greis kam er um seine Pensionierung ein. Das Ordinariat bestimmte, dass bis zu seinem Tod die Pfarre von einem Provisor zu führen sei und dieser ihm aus seinen Einkünften jährlich 600 Gulden Konventionsmünze als Ruhegehalt auszahlen soll. Als erster Administrator oder Provisor trat Thomas Beranek, bisher Kooperator in Feldsberg, mit Juli 1870 seinen Dienst an und erhöhte den Betrag auf 800 Gulden. Beranek wurde aber schon im August Pfarrer in Eisgrub, und der Kooperator Michael Sturm aus Rabensburg übernahm die Nachfolge als Administrator. Als die Verhältnisse die Auszahlung des Ruhegehaltes nicht mehr gestatteten, zog sich Pfarrer Philipp in seine Heimat in Böhmen zurück, wo er 1872 starb.
Neuer Pfarrer von Bernhardsthal wurde 1872 Georg Stöger (1872-1887). Er war 1810 in Wiesmath, Oberösterreich, geboren, hatte u. a. als Kooperator in Feldsberg, als Provisor und Pfarrer in Katzelsdorf und zuletzt von 1856 an als Pfarrer von Reinthal gewirkt. Er ließ 1875 den tief herabreichenden Bogen, der seinerzeit den Dachreiter getragen hatte und noch immer Presbyterium und Kirchenschiff in ungünstiger Weise trennte, entfernen und durch einen leichten und gefälligen Gurtbogen ersetzen. Der Marienaltar erhielt unter ihm 1881 die Gestalt, die er bis in die Zeit vor dem Zweiten Weltkrieg hatte. Dabei erhielt auch die Schmerzhafte Muttergottes, die 1802 so viel Aufregung verursacht hatte, einen würdigen Platz auf dem Altar. Gegenüber der Kanzel wurde 1884 eine Lourdesstatue, die Matthias Heß gespendet hatte, innerhalb einer imitierten Grotte an der Wand angebracht. Pfarrer Stöger war der letzte Pfarrer, der die Pfarrwirtschaft selbst führte. Er konnte in Bernhardsthal sein goldenes Priesterjubiläum feiern, erhielt den Titel Geistlicher Rat und starb hier am 28. Juni 1887.
Sein Nachfolger Franz Riederer ist 1846 in Plöß in Böhmen geboren und war zuletzt Pfarrer in Kettlasbrunn. Bis zum Dienstantritt des neuen Pfarrers wurde die Pfarre von Pfarrer Johann Toifl in Reinthal betreut. Pfarrer Franz Riederer (1887-1898) konnte endlich darangehen, die längst fälligen Reparaturarbeiten in Kirche und Pfarrhof durchfuhren zu lassen, nachdem sich der Patron bereit erklärt hatte, zu den Kosten seinen Teil beizutragen.
Die Kosten für die Renovierung des Hochaltars im Jahre 1889 übernahm die aus dem Ort stammende Theresia Grois. Die Familie Heß ließ für den Eingang ins Kirchenschiff ein eisernes Gitter herstellen. Außer den Beiträgen des Patronatsherrn flossen dem Pfarrer auch Spenden der Bevölkerung zu. Es wat ein gewaltiges Arbeitsprogramm, das Pfarrer Riederer durchführte. Er hat in der Pfarrchronik über alle Arbeiten und die Kosten dafür genau Buch geführt. Auch auf die Anschaffung von Paramenten, Wäsche, kirchlichen Geräten oder deren Verschönerung sowie Ausbesserungen auf dem Kirchenchor, auf die Reparatur der Orgel und auf Ankauf von Kirchennoten vergaß er nicht. Obwohl schon schwer krank, hielt er am 26. Juni 1898, einem Sonntag, noch die hl. Messe, den hl. Segen und ein Begräbnis; als er sich endlich zu Bette begab, stellte man eine Lungenentzündung fest, der er eine Woche später erlag.
Zum Provisor wurde der erst drei Jahre als Priester tätige Theodor Stief, Kooperator in Poysdorf, ernannt. Der neue Pfarrer Johann Maurer (1898-1906) hielt am 6. Dezember 1898 seinen Einzug in Bernhardsthal.
Er wurde 1850 in Chlumetschek, Böhmen, geboren und wirkte als Kooperator in Krumbach, Wildendürnbach, Neudorf bei Staatz, Drasenhofen, Kammersdorf und Feldsberg und von 1883-1898 als Pfarrer in Niederabsdorf. Wegen seiner Kränklichkeit konnte er den bisherigen Provisor als Kooperator behalten, und nach dessen Abgang wurde Hugo Masur, ein Franziskaner-Ordenspriester, sein Nachfolger. Seit Jänner 1905 versah Pfarrer Maurer den Dienst ohne Kooperator. Er gab sich trotz seiner Kränklichkeit größte Mühe, die notwendigen Renovierungsarbeiten im Kircheninneren vorzubereiten. Er hatte sich in letzter Zeit gut erholt, da befiel ihn eine typhöse Lungenentzündung, die ihn innerhalb von fünf Tagen am 13. August 1906 dahinraffte. Er wurde in Bernhardsthal begraben, 1908 aber exhumiert und nach Wien überführt.
Die erste Zeit wurde die Pfarre vom Pfarrer von Reinthal, Matthias Komzak, betreut. Am 21. August 1906 trat Provisor Franz Storn, bisher Kooperator in Atzgersdorf bei Wien, seinen Dienst in Bernhardsthal an. Unter ihm ließ die Gemeinde den neuen (dritten) Friedhof errichten, der heute noch in Verwendung ist.
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